Williard kapitány azt a megbízatást kapja a saigoni CIA-tól, hogy likvidáljon egy nyilvánvalóan megőrült ezredest. Az ezredes ugyanis a kambodzsai dzsungelben alakította ki saját birodalmát, amelyben magát istenként imádtatja és kíméletlen magánháborút folytat. Williard útja felfelé a folyón, a háborús területen keresztül egyre inkább erős színekkel festett rémálmokhoz hasonlít.
A Coppola és John Milius által írt forgatókönyv Joseph Conrad A sötétség mélyén című kisregényén alapul, valamint merített még Michael Herr Dispatches című könyvéből, Conrad Lord Jimjének 1965-ös filmfeldolgozásából (melynek A sötétség mélyénhez hasonlóan Marlow a főszereplője), és Werner Herzog Aguirre, Isten haragja című filmjéből.